Vào đầu thế kỷ 16 dưới triều nhà Minh, nhà hàng hải người Bồ Đào Nha Jorge Álvares được ghi nhận là một trong vị khách đầu tiên đặt chân lên đất Hồng Kông mà không phải là người châu Á, vào năm 1513.[11][12] Alvares định cư ở Hồng Kông cũng là lúc các thương nhân Bồ Đào Nha tiến hành việc buôn bán ở miền Nam Trung Quốc. Đồng thời, họ xâm chiếm và xây dựng các công sự quân sự ở Đồn Môn. Các cuộc đụng độ quân sự giữa Trung Quốc và Bồ Đào Nha xảy ra sau đó với kết quả người Bồ Đào Nha bị trục xuất. Tuy nhiên, họ đã thiết lập lại quan hệ thương mại vào năm 1549 với các phái đoàn thương mại hàng năm được gửi đến đảo Thượng Xuyên và, do những nỗ lực ngoại giao của Leonel de Sousa (Thống đốc Ma Cao sau này), đã mua lại một hợp đồng thương mại của Ming cho một thuộc địa thương mại tại. Ma Cao vào năm 1557 [13]

Vào giữa thế kỷ 16, chính sách cấm hàng hải có hiệu lực ngăn chặn sự tiếp xúc với người nước ngoài, nó cũng hạn chế hoạt động biển địa phương. Dân làng ở khu vực ven biển Hồng Kông được lệnh di dời sang Hoa lục. Việc chuyển giao đất nước từ nhà Minh sang Thanh đã dẫn đến sự tháo chạy của phiến quân tàn dư Minh triều. Để tiếp tục giảm dân số xuống còn khoảng 16.000 người trong khu vực, các quan chức nhà Thanh đã buộc nhiều dân làng Hồng Kông trở lại đất liền thông qua việc phá hủy các ngôi làng và mùa màng, gây ra nạn đói.[10]

Hồng Kông là được cai quản như một phần của huyện Tân An (新安縣) trong triều đại nhà Minh.